Die Jungschützenabteilung der St. Sebastianus Schützen wurde im Jahre 1934 gegründet. 1935 wurde mit Wilhelm Jungen der erste Prinz ausgeschossen. Allerdings konnte sich die Jungschützenabteilung -aufgrund der Wirren des 2. Weltkrieges- vorerst noch nicht lange in der Bruderschaft etablieren: Bereits nach 1939 wurde kein Prinz mehr ausgeschossen und nach kurzer Dauer existierte keine Jungschützenabteilung mehr.
Lange Zeit war es still um die Jungschützenabteilung, bis am 18. Mai 1950 unter Präsident Adolf Mommertz der Entschluss gefasst wurde, die einst gegründete Jungschützenabteilung wieder ins Leben zu rufen. Hans Wolf wurde zu diesem Zweck von der Versammlung einstimmig zum Jungschützenführer gewählt. Am 27. Mai 1950 trafen sich zunächst zehn junge Männer, die in der Bruderschaft eintreten wollten, zu einer ersten Zusammenkunft. Am 03. Juni des Jahres wurden schließlich die neuen Jungschützen in Anwesenheit von Präses Pfr. Johannes Pelzer, des Präsidenten Adolf Mommertz, sowie des neuen Jungschützenführers in die Bruderschaft aufgenommen.
Am 11. Juni 1950 konnte erstmals mit Martin Kremer wieder ein Jungschützenprinz nach dem Kriege ausgeschossen werden, er übernahm das Silber von seinem Vorgänger aus dem Jahre 1939. 1955 erhielten die Jungschützen ihre erste eigene Schwenkfahne mit einer Abbildung des heiligen Sebastianus.
Im Jahre 1959 wurde das 25 jährige Bestehen der Abteilung in einem Festzelt gefeiert. Franz-Josef Plum gelang es in diesem Jubeljahr die Prinzenwürde zu erringen.
Nur ein Jahr darauf gelang es Karl-Heinz Severins -erstmals in der Geschichte der Bruderschaft- die Bundesprinzenwürde nach Merkstein zu holen. Zu diesem Anlass stiftete Präsident Mommertz eine verkleinerte Nachbildung der Bundesprinzenkette, die jeweils an den nächsten Bundesprinzen der Bruderschaft übergeben werden sollte.
In den Jahren 1963 – 1965 wurde Paul-Josef Kobben dreimal hintereinander Jungschützenprinz und somit der erste Kronprinz der Bruderschaft.
Da die alte Jungschützenfahne nicht mehr besonders ansehnlich war, wurde sie 1968 durch eine neue ersetzt. Auf dieser, in den Merksteiner Farben blau und gold gehaltene Fahne, ist eine Armbrust abgebildet.
Am 05. September 1982 gelang es Georg Münzberg, die Bundesprinzenwürde nach 22 Jahren wieder nach Merkstein zu holen. René Fischer gelang es in den Jahren 1995 – 1997 zweiter Kronprinz der Bruderschaft zu werden. Aus diesem Anlass wurde eine Kronprinzenkette gestiftet. Dritter -und bis jetzt letzter- Kronprinz der Bruderschaft wurde in den Jahren 2004-2006 Dominik Ohler.
Neben den regulären Aktivitäten im Schützenjahr treffen sich die Jungschützen auch außerhalb, um bei Kegelabenden oder Feiern die Geselligkeit zu pflegen.
